Está formado por la cruz de Calatrava en blanco y negro, en el centro dieciséis rayos circulares dorados, símbolo del sol de Aquino, sobre un fondo circular azul y el lema Facientes Veritatem, hacedores de la verdad, en una banda roja

Está compuesta por cinco franjas horizontales, tres verdes y dos blancas intercaladas, y el escudo de la Universidad en la parte central.

Fue elaborado para afirmar el origen pontificio de la institución con la bula fundacional “Romanux Pontifex” de 1580, auténtico mandato del papa Gregorio XIII y se utiliza en certificados y diplomas expedidos por la Universidad.