La Universidad Santo Tomás, el Primer Claustro Universitario de Colombia, nació en el ámbito de la Educación, gracias a la Orden de Predicadores el 13 de junio de 1580. Dentro de la lista de egresados se cuentan personalidades que han dejado un legado al país y al registro de la historia: Camilo Torres, autor del célebre "Memorial de Agravios", Francisco José de Caldas, "El Sabio" neogranadino de Colombia, Francisco de Paula Santander el hombre de las leyes, y Atanasio Girardot prócer granadino en la época de la independencia.
Por acto administrativo de carácter dictatorial de la Presidencia de Colombia en cabeza del general Tomás Cipriano de Mosquera, la Universidad se clausuró en 1863 y posteriormente fue restaurada el 7 de marzo de 1965 por la Provincia de San Luis Bertrán de Colombia de la Orden de Predicadores, con el nombre de Universidad Santo Tomás de Colombia, con personería mediante resolución No. 3645 de 6 de agosto de 1965.
Hoy la Sede Principal se encuentra en la ciudad de Bogotá, pero con el ánimo de expandir la misión institucional de formar profesionales éticos y creativos la Universidad Santo Tomás abre así sus puertas en el país: La primera, fue la Seccional de Bucaramanga en 1973. El 3 de marzo de 1996 se da apertura a la Seccional de Tunja y el año siguiente a la Sede de Medellín. Finalmente, en 2007 la Universidad llega a los llanos orientales con la Sede de Villavicencio.
En esta Sede, actualmente se ofrecen a nivel de Pregrado, los programas de Administración de Empresas Agropecuarias, Arquitectura, Arte y Cultura, Cultura Física, Deporte y Recreación, Contaduría Pública, Derecho, Ingeniería Ambiental, Ingeniería Civil, Ingeniería Industrial, Ingeniería Mecánica, Ingeniería de Sistemas, Lenguas Extranjeras, Ingeniería Mecatrónica, Negocios Internacionales y Psicología.
A nivel de posgrado, la Maestría en Infraestructura Vial, Maestría en Administración MBA, Maestría en Gerencia de Mercadeo, Maestría en Derechos Humanos, Maestría en Derecho y Justicia, Especialización en Gerencia de Mantenimiento y Gestión de Activos, Especialización en Estructuras, Especialización en Gerencia de Proyectos de Construcción, Especialización en Gerencia Empresarial, Especialización en Finanzas, Especialización en Gestión Turística, Especialización en Derecho Administrativo, Especialización en Derecho de la Empresa y el Tributo, Especialización en Derecho Penal y Sistema Penal Acusatorio, Especialización en Ciberseguridad y Ciberdefensa y la Especialización en Psicología Jurídica y Forense.